Tu peux très facilement créer une fenêtre sans bordure ni barre de titre en définissant son style, mais tu ne peux pas faire une fenêtre transparente. En gros t'auras toujours un rectangle.
SFML supporte jusqu'à 5 boutons pour la souris. Le click sur la molette c'est tout simplement le bouton du milieu, que tu peux attraper dans les évènements MouseButtonPressed et MouseButtonReleased. Donc oui c'est un "event click", comme pour les boutons gauche et droite.
Pour le NDK d'android je ne sais pas j'ai jamais touché à ça, mais à partir de la version 2.2 (qui devrait sortir très bientôt si j'ai bien suivi, mais qui est déjà disponible sur github) il est possible d'utiliser SFML sur Android et iOS.